La Universidad Nacional del Este, fue creada por Ley N° 250, de fecha 22 de octubre de 1993; de esta manera se hacía realidad el sueño de los jóvenes altoparanaenses que deseaban con ansias contar con una universidad pública en la zona de las Tres Fronteras que les ofrezca la posibilidad de seguir sus estudios superiores sin la necesidad de abandonar sus hogares y de esta manera evitar el éxodo.

Así se dio la creación legal de la Universidad Nacional del Este, pero faltaba lo más importante, llevar a los hechos lo que disponía esta Ley, y para el efecto se conformó una Comisión Coordinadora integrada por: Dr. Gilberto Ruíz Carvallo, por la Facultad de Ciencias Económicas (coordinador); Ing. Gerónimo Laviosa, por la Facultad de Ingeniería Agronómica; Lic. Genaro Bogado Román, por la Facultad de Filosofía y Lic. Daniel Brítez, por la Facultad Politécnica (miembros), para llevar adelante la conformación de los Cuerpos Directivos de la Universidad Nacional del Este.

La comisión coordinadora fue asistida por asesores jurídicos, académicos y administrativos y la colaboración especial del Prof. Dr. Luis H. Berganza, Rector de la UNA y Presidente del Consejo de Universidades.

La base sobre la que se asentó la nueva universidad, de acuerdo al proyecto de creación, constituyeron las cuatro filiales de la UNA existentes en el Departamento, de la Facultad de Ciencias Agrarias, de la Facultad de Ciencias Económicas, de la Facultad de Filosofía y de la Facultad Politécnica. En primer lugar se eligieron a los representantes de los estamentos para conformar los Consejos Directivos de las cuatro Facultades; una vez conformados los Consejos Directivos, los mismos eligieron a los respectivos Decanos y Vice-Decanos; luego se completó la elección de los asambleístas de los distintos estamentos de las cuatro Facultades, para desembocar finalmente el proceso, que duró nueve meses, en la primera Asamblea Universitaria.